孕5周3天时，通常需要进行以下检查：
1.B超检查：通过超声检查，医生可以确定孕囊的位置、大小和形态，判断是否为宫内妊娠，排除宫外孕的可能。同时，还可以观察胎芽和胎心的发育情况，评估胚胎的健康状况。
2.血液检查：包括血常规、尿常规、血型、乙肝五项、丙肝抗体、艾滋病抗体、梅毒螺旋体抗体等。这些检查可以了解孕妇的基本健康状况，排查一些潜在的疾病，为孕期的健康管理提供参考。
3.孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）测定：这两种激素在怀孕早期会升高，通过检测它们的水平，可以了解胚胎的发育情况，判断是否存在先兆流产等问题。
4.其他检查：医生可能会根据孕妇的具体情况，进行其他检查，如甲状腺功能检查、血糖检查等，以确保孕妇和胎儿的健康。
需要注意的是，每个孕妇的情况都不同，医生会根据个体差异制定个性化的检查方案。此外，在进行检查时，孕妇应保持放松的心态，遵循医生的指导，确保检查的顺利进行。同时，孕妇在孕早期要注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持良好的生活习惯，为胎儿的发育创造良好的环境。如果对检查结果有任何疑问或担忧，应及时与医生沟通。