怀孕5周3天时，通常需要进行以下检查：
1.B超检查：通过超声检查，确认孕囊的位置、大小和形态，排除宫外孕的可能。同时，还可以观察胎芽和胎心的发育情况，评估胎儿的健康状况。
2.血液检查：包括血常规、血型、乙肝五项、丙肝抗体、艾滋病抗体、梅毒螺旋体抗体等。这些检查可以了解孕妇的基本健康状况，以及是否感染某些疾病。
3.孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）水平测定：这两种激素在怀孕早期会升高，可以帮助医生了解胚胎的发育情况和孕妇的黄体功能。
4.其他检查：医生可能会根据孕妇的具体情况，进行其他检查，如甲状腺功能检查、TORCH检查等。
需要注意的是，每个孕妇的情况都不同，医生会根据个体差异制定个性化的检查方案。此外，在进行检查时，应遵循医生的指导，做好准备工作，并注意检查的时间和频率。同时，孕妇在怀孕早期应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，补充叶酸等营养素，有助于胎儿的健康发育。如果对检查结果有任何疑问或担忧，应及时与医生沟通。