脚扭伤两个月后仍疼痛，可能与以下原因有关。
1.软组织损伤未愈：脚扭伤后，可能会导致局部肌肉、韧带等软组织损伤。如果损伤较为严重或恢复不良，可能会导致疼痛持续较长时间。
2.韧带损伤：脚扭伤可能会导致韧带损伤，如外侧副韧带损伤。韧带损伤后，如果未得到适当的治疗或治疗不彻底，可能会导致韧带松弛，影响关节稳定性，从而引起疼痛。
3.骨折：虽然在扭伤后经过X光检查未发现骨折，但可能存在隐匿性骨折。这种骨折在初期X光检查中难以发现，需要进行CT等进一步检查才能确诊。
4.创伤性关节炎：如果脚扭伤后处理不当，可能会导致创伤性关节炎。关节炎会刺激滑膜，引起疼痛、肿胀和活动受限。
5.其他原因：如滑膜炎、滑囊炎、神经损伤等也可能导致脚扭伤后持续疼痛。
针对脚扭伤两个月后仍疼痛的情况，可以采取以下措施。
1.就医检查：首先应到医院就诊，进行详细的检查，如X光、CT、磁共振成像（MRI）等，以确定疼痛的原因。
2.治疗：根据检查结果，医生会制定相应的治疗方案。治疗方法包括药物治疗、物理治疗、康复训练等。
药物治疗：可以使用非甾体抗炎药（如布洛芬、对乙酰氨基酚）缓解疼痛，也可以使用活血化瘀的中药或膏药。
物理治疗：包括热敷、冷敷、按摩、针灸、超声波等，可以帮助缓解疼痛、消肿。
康复训练：在疼痛缓解后，应进行康复训练，增强肌肉力量，改善关节活动度，提高关节稳定性。
3.注意休息：在疼痛期间，应尽量避免过度活动，休息时可将脚抬高，促进血液回流。
4.佩戴支具：如果医生认为有必要，可以佩戴支具或使用拐杖，保护受伤的脚。
5.改变生活方式：保持良好的姿势，避免长时间站立或行走，选择合适的鞋子，减轻脚的负担。
6.心理调节：疼痛可能会影响情绪，导致焦虑、抑郁等心理问题。应保持积极的心态，通过心理调节缓解疼痛。
需要注意的是，如果脚扭伤后持续疼痛，建议及时就医，以免延误病情。同时，在治疗过程中，应遵循医生的建议，积极配合治疗，促进康复。