三个月大的婴儿需要补充以下营养物质：
1.维生素D：母乳或配方奶中含量较少，需额外补充。维生素D有助于促进钙的吸收，预防佝偻病。
2.铁：足月儿在4-6个月前通常不会缺铁，但如果母亲孕期缺铁、早产、低出生体重等，可能会导致婴儿缺铁。婴儿可以从4个月开始添加富含铁的辅食，如米粉、肉泥等。
3.蛋白质：母乳或配方奶中的蛋白质含量能够满足婴儿的需求，但如果婴儿生长过快或有特殊需求，可以在医生的指导下添加蛋白质补充剂。
4.水分：纯母乳喂养的婴儿在6个月前不需要额外喝水，但如果天气炎热、出汗较多或生病时，需要适当增加水分摄入。
需要注意的是，每个婴儿的营养需求可能会有所不同，具体的补充方案应根据婴儿的个体情况和医生的建议来确定。同时，家长应该注意婴儿的饮食均衡，逐渐引入各种食物，以保证婴儿获得足够的营养。