早晨起床手指关节痛的原因可能是：
1.类风湿关节炎：手指关节疼痛常发生在近端指间关节，掌指关节，腕、肘、肩、膝、髋、踝关节等，多呈对称性、持续性，但时轻时重，常伴有晨僵，手指活动受限，握拳困难，严重者可出现畸形。除了关节症状外，还可能出现发热、贫血、皮下结节、心包炎、胸膜炎、肺炎、肾脏损害等表现。类风湿关节炎好发于35-50岁女性，发病原因尚不明确，可能与遗传、感染、性激素等有关。
2.骨关节炎：手指骨关节炎常发生在远端指间关节，可出现关节肿胀、疼痛、畸形，晨僵时间一般较短，多小于30分钟。骨关节炎的发生与年龄、肥胖、炎症、创伤、遗传等因素有关。
3.痛风：痛风是由于血尿酸水平过高导致尿酸结晶沉积在关节内引起的炎症反应，可导致手指关节疼痛，多在夜间突然发作，呈剧痛，数小时内出现受累关节的红、肿、热、痛和功能障碍，单侧第一跖趾关节最常见，其次为踝、膝、肘、腕、手及足部其他关节。痛风的发病与嘌呤代谢紊乱和（或）尿酸排泄减少有关。
4.其他：手指关节痛还可能与感染、创伤、自身免疫性疾病、内分泌疾病、肿瘤等有关。
如果出现早晨起床手指关节痛的症状，建议及时就医，明确病因，以便采取相应的治疗措施。