大拇指根部特别疼，可能与拇囊炎、腱鞘炎、关节炎等有关，具体如下：
1.拇囊炎：由于第一跖趾关节长期磨损、退变，可导致拇囊炎，出现大拇指根部疼痛、肿胀，局部皮肤发红、发烫等症状。
2.腱鞘炎：长期、过度使用大拇指，或拇指频繁活动，可导致拇指屈肌腱鞘发生炎症，从而引起大拇指根部疼痛，在屈伸拇指时，疼痛会加重，有时还会出现弹响。
3.关节炎：类风湿关节炎、痛风性关节炎等疾病可侵犯大拇指根部的关节，导致炎症反应，引起疼痛。
4.其他：外伤、感染、肿瘤等也可能导致大拇指根部疼痛。
如果出现大拇指根部特别疼的症状，建议及时就医，明确原因，并进行针对性治疗。同时，在日常生活中，应注意避免过度使用大拇指，避免长时间保持一个姿势，注意保暖，避免受寒。