深蹲时膝盖疼可能由以下原因引起：
1.深蹲姿势不正确：深蹲时，如果膝盖内扣或过度伸直，可能会增加膝盖的压力，导致疼痛。
2.膝关节半月板损伤：半月板是位于膝关节内部的软骨结构，当半月板受到损伤时，深蹲时可能会引起疼痛。
3.膝关节韧带损伤：膝关节的前后交叉韧带和内外侧副韧带如果受到损伤，也可能导致深蹲时膝盖疼痛。
4.髌股关节综合征：髌股关节是膝关节的重要组成部分，当髌股关节出现问题时，如髌骨软化症或髌骨轨迹异常，可能会引起深蹲时膝盖疼痛。
5.膝关节滑膜炎：膝关节滑膜受到炎症刺激时，可能会导致关节积液和疼痛，深蹲时疼痛可能会加重。
6.其他原因：骨性关节炎、类风湿性关节炎、感染等也可能导致深蹲时膝盖疼痛。
如果深蹲时膝盖疼痛，建议采取以下措施：
1.休息：停止深蹲运动，给膝盖足够的休息时间。
2.冰敷：用冰袋或冷毛巾敷在膝盖上，每次15-20分钟，每天数次，有助于减轻疼痛和肿胀。
3.物理治疗：可以进行热敷、按摩、电疗等物理治疗，缓解疼痛和改善膝关节的灵活性。
4.药物治疗：可以使用非甾体类抗炎药（如布洛芬、阿司匹林）缓解疼痛和炎症。
5.就医诊断：如果疼痛持续不缓解或加重，建议及时就医，进行详细的检查，如X光、磁共振成像（MRI）等，以确定疼痛的原因，并采取相应的治疗措施。
需要注意的是，深蹲时膝盖疼可能是多种原因引起的，治疗方法也因人而异。在进行深蹲运动前，应做好热身准备活动，保持正确的姿势，避免过度劳累和受伤。如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如肿胀、畸形、活动受限等，应及时就医，以便早期诊断和治疗。