阴茎根部长了几颗小痘痘可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的原因和建议：
1.珍珠状阴茎丘疹：这是一种常见的良性病症，通常表现为阴茎冠状边缘和冠状沟出现的珍珠状、半透明丘疹，可单发或多发，无压痛，无破溃，患者无自觉症状。可能与包皮过长、局部刺激等因素有关。一般不需要治疗，若患者有治疗需求，可通过激光、冷冻等方式去除。
2.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。主要表现为外生殖器及肛门周围出现赘生物，可呈乳头状、菜花状或鸡冠状，表面粗糙角化。醋酸白试验阳性。确诊后可通过激光、冷冻、电灼等方式去除疣体，同时使用干扰素等药物进行治疗。此外，患者应注意个人卫生，避免不洁性行为，以防复发。
3.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，可通过直接接触或间接接触传播。主要表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。治疗主要是去除疣体，可通过挤压、刮匙等方式去除疣体，然后涂抹碘酊等药物。
4.皮脂腺异位症：是一种皮脂腺疾病，病因不明，可能与内分泌因素、局部刺激等有关。主要表现为粟粒大小的扁平丘疹，无自觉症状。一般不需要治疗，若患者有治疗需求，可通过激光、冷冻等方式去除。
5.其他：阴茎根部长痘痘还可能是脂肪瘤、毛囊炎、湿疹等原因引起。
总之，引起阴茎根部长痘痘的原因较多，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，患者应注意个人卫生，保持局部清洁干燥，避免搔抓、挤压患处，以防感染扩散。此外，在治疗期间应避免性生活，以防交叉感染。如果患者有不洁性行为，应同时进行性伴侣的检查和治疗。