孕13周时小腹两边隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：孕13周时，子宫逐渐增大，可能会牵拉子宫两侧的圆韧带，引起小腹两边隐隐作痛。这种疼痛通常是轻微的，而且是一过性的，不需要特殊处理。
2.先兆流产：如果小腹两边的疼痛比较剧烈，或者伴有阴道流血、腰痛等症状，可能是先兆流产的表现。需要及时就医，进行保胎治疗。
3.其他原因：如肠胃炎、阑尾炎、输尿管结石等，也可能引起小腹两边疼痛。但这些情况通常还会伴有其他症状，如恶心、呕吐、腹泻、发热等。
如果疼痛持续不缓解或伴有其他异常症状，建议及时就医，进行相关检查，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，在孕期要注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，合理饮食，定期产检。