月经第三天小肚子疼，可能是以下原因引起：
1.前列腺素水平升高：在月经期间，女性体内的前列腺素水平会升高，前列腺素会导致子宫收缩，从而引起疼痛。这种疼痛通常在月经第一天或第二天最为明显，第三天可能会有所减轻，但仍可能存在。
2.子宫收缩：月经期间，子宫会收缩，以排出经血。这种收缩可能会引起小肚子疼。
3.宫寒：宫寒是指子宫寒冷，可能导致月经期间肚子疼。宫寒的原因可能是多方面的，如长期居住在寒冷潮湿的环境、经期食用过多生冷食物等。
4.其他原因：子宫内膜异位症、盆腔炎等妇科疾病也可能导致月经第三天小肚子疼。
如果疼痛不严重，可以通过以下方法缓解：
1.热敷：用热水袋或热毛巾敷在小肚子上，可以缓解疼痛。
2.休息：休息可以缓解身体的疲劳和紧张，有助于减轻疼痛。
3.饮食调整：避免食用辛辣、生冷等刺激性食物，多吃温热、易消化的食物。
4.运动：适当的运动可以缓解疼痛，如散步、瑜伽等。
如果疼痛严重，或伴有其他症状，如月经量过多、月经周期不规律等，应及时就医，进行相关检查，以确定病因，并进行相应的治疗。