一、通过病毒持续检测时间来初步推测感染时长
定期检测的重要性：如果有过HPV16检测的历史记录，可根据最后一次检测出HPV16阴性距离首次检测出HPV16阳性的时间来大致推测感染时长。例如，首次在医院检测出HPV16阳性，之后每隔一定时间（如6-12个月）进行复查，如果在首次检测后的12个月复查仍为阳性，24个月复查仍为阳性等，可根据间隔的检测时间来估算感染时长。但这种方法有一定局限性，因为个体的免疫清除能力不同，有些人可能会较快清除病毒，有些人则持续阳性。
不同年龄人群的差异：对于年轻女性（18-30岁左右），自身免疫系统相对较为活跃，部分人可能在感染HPV16后6-12个月内自行清除病毒；而对于年龄较大的女性（如35岁以上），免疫系统功能有所下降，病毒持续感染的概率相对较高，感染时长的判断也会因个体免疫差异而有所不同。比如一位35岁女性首次检测出HPV16阳性，2年后再次检测仍为阳性，那感染时长至少在2年左右，但这只是一个大致推测，因为每个人清除病毒的时间窗口不同。
二、结合宫颈病变情况辅助判断感染时长
低级别病变阶段：如果感染HPV16后引起了宫颈低级别鳞状上皮内病变（LSIL），从感染到发展为LSIL的时间一般可能需要数月到数年不等。例如，有研究表明，部分患者感染HPV16后，大约在感染后的6-24个月左右可能会进展为LSIL，但这也不是绝对的，因为不同个体的病变进展速度不同。对于年轻女性，可能相对进展慢一些，而年龄较大者可能进展稍快。
高级别病变及更严重阶段：如果进一步发展为高级别鳞状上皮内病变（HSIL）甚至宫颈癌，从感染HPV16到发展为HSIL可能需要数年时间，一般可能在5-10年甚至更长时间。但这也与个体的免疫状态、是否有其他危险因素（如同时感染其他类型HPV、吸烟等）有关。吸烟会影响机体的免疫功能，可能会加速病变的进展，从而影响对感染HPV16时长的判断。比如一位长期吸烟的40岁女性，感染HPV16后，可能会比不吸烟的同龄女性更快地发展为高级别病变，那么其感染时长的判断需要综合考虑这些因素。
三、基因分型与定量检测的辅助作用
HPV16基因定量检测：通过HPV16的基因定量检测，可以了解病毒在体内的载量情况。一般来说，病毒载量较高往往提示感染时间相对较长，但这也不是绝对的。例如，定量检测显示病毒载量持续处于较高水平（如拷贝数持续>1000），那么感染时长可能相对较长；如果病毒载量逐渐下降，可能提示机体正在清除病毒，感染时长则相对较短。但基因定量检测也受到检测方法灵敏度等因素的影响，不同的检测机构可能存在一定的差异。
不同性别情况的特殊考虑：男性感染HPV16的情况相对女性有其特殊性，男性感染HPV16后一般症状不明显，主要通过性接触传播给女性。男性感染HPV16后的感染时长判断相对女性更困难，因为男性的检测和监测相对不那么常规。但如果男性与女性伴侣有过HPV16感染的传播情况，女性伴侣的感染时长判断可以结合男性感染情况以及两人的性接触时间等因素来综合推测。例如，女性伴侣在与感染HPV16的男性发生性接触后的一定时间内检测出HPV16阳性，那么可以根据这个性接触时间以及后续的检测情况来大致推测女性感染HPV16的时长。