甲硝唑和奥硝唑都是硝基咪唑类抗生素药物，用于治疗各种厌氧菌感染和原虫感染，都具有强大的抗厌氧菌作用。但两者也存在一定的区别，具体如下：
1.药物结构：甲硝唑是2-甲基-5-硝基咪唑-1-乙醇；奥硝唑是1-（2-羟乙基）-2-甲基-5-硝基咪唑。
2.抗菌谱：两者的抗菌谱相似，但奥硝唑的抗菌谱略广于甲硝唑。
3.药代动力学：奥硝唑的消除半衰期较长，血药浓度相对较高，因此作用时间更长。
4.不良反应：两者的不良反应相似，但奥硝唑的发生率略低于甲硝唑。主要不良反应包括胃肠道反应、头痛、眩晕等。
5.临床应用：甲硝唑主要用于治疗厌氧菌感染，如口腔感染、腹腔感染、女性生殖系统感染等；奥硝唑除了用于厌氧菌感染外，还可用于治疗阿米巴病、贾第鞭毛虫病等。
需要注意的是，这两种药物都有一定的副作用，使用时应严格按照医生的建议进行，避免滥用。同时，对硝基咪唑类药物过敏者、孕妇及哺乳期妇女禁用。