三个月的宝宝咳嗽有痰流鼻涕，可能是感冒、过敏等引起的，以下是一些常用的药物：
1.抗病毒药物：如果是病毒感染引起的感冒，可能会使用利巴韦林、抗病毒口服液等药物。
2.抗生素：如果咳嗽、有痰的症状持续时间较长，或者宝宝出现了发热、呼吸急促等情况，可能需要使用抗生素，如阿莫西林、头孢克洛等。
3.止咳祛痰药：如氨溴索、氨溴特罗等，可以帮助化痰、止咳。
4.抗过敏药：如果宝宝咳嗽、流涕是过敏引起的，可以使用氯雷他定、西替利嗪等抗过敏药。
需要注意的是，宝宝的年龄较小，身体的各个器官发育还不完善，用药需要谨慎，最好在医生的指导下使用。此外，还可以采取以下措施帮助宝宝缓解症状：
1.保持室内空气湿润，可以使用加湿器。
2.给宝宝多喝水，有助于稀释痰液。
3.可以轻拍宝宝的背部，帮助痰液咳出。
4.注意宝宝的保暖，避免着凉。
如果宝宝的症状持续加重或出现其他异常情况，应及时就医。同时，要密切观察宝宝的病情变化，如有需要，及时调整治疗方案。