中医治疗肛瘘主要是根据肛瘘的不同症状采用不同的治疗方法，具体如下：
1.实证：
湿热下注：表现为肛周经常流脓液，疼痛，肛周潮湿，舌红，苔黄腻，脉弦数。治疗时应清热利湿，可选用萆薢渗湿汤加减。
热毒炽盛：表现为肛周肿痛剧烈，持续数日，伴有恶寒发热，口干便秘，舌红，苔黄，脉弦滑数。治疗时应清热解毒，可选用黄连解毒汤合五味消毒饮加减。
2.虚证：
阴虚津亏：表现为肛瘘外口凹陷，周围皮肤颜色晦暗，潜行痿管，伴有潮热盗汗，心烦口干，舌红，少苔，脉细数。治疗时应养阴清热，可选用青蒿鳖甲汤合玉女煎加减。
气血两虚：表现为肛瘘外口皮色暗淡，瘘口潜行，周围皮肤有色素沉着，伴有神疲乏力，面色无华，舌淡，苔薄白，脉沉细。治疗时应补益气血，可选用八珍汤合四君子汤加减。
此外，中医还常采用中药外洗、外敷、针灸等方法治疗肛瘘。需要注意的是，肛瘘的治疗应根据具体情况选择合适的方法，同时要注意饮食清淡，保持肛周清洁。如果肛瘘症状严重，保守治疗无效，可能需要手术治疗。