怀孕3个月肚子有时隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现偶尔的隐痛，这是正常的生理现象。
2.子宫韧带拉伸：怀孕后，子宫周围的韧带会受到牵拉，可能会引起腹部隐痛。
3.胃肠道问题：怀孕后，胃肠道的功能可能会受到影响，容易出现消化不良、便秘等问题，这些问题也可能导致腹部隐痛。
4.其他：如果腹部隐痛同时伴有阴道出血、破水等症状，可能是先兆流产、早产等异常情况，需要及时就医。
如果腹部隐痛不严重，没有其他不适症状，可以先观察。注意休息，避免剧烈运动和性生活。如果腹部隐痛持续时间较长或伴有其他不适症状，建议及时就医，进行相关检查，以排除异常情况。