怀孕3个月时肚子有时隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕3个月时，子宫逐渐增大，可能会牵拉子宫周围的韧带，引起肚子隐隐作痛。这种疼痛通常是轻微的，而且是间歇性的，不会持续很长时间。
2.子宫收缩：在怀孕早期，子宫可能会出现不规则的收缩，这也可能导致肚子隐隐作痛。这种收缩通常是无痛性的，不会引起流产或早产。
3.其他原因：除了上述原因外，肚子隐隐作痛还可能与其他因素有关，如消化不良、肠道问题、腹部受凉等。
需要注意的是，如果肚子隐隐作痛伴有阴道出血、剧烈疼痛、发热等症状，可能是异常情况，需要及时就医。此外，如果疼痛持续时间较长、疼痛程度加重或伴有其他不适症状，也应及时就医，以便明确原因并采取相应的治疗措施。
在怀孕期间，应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，注意饮食卫生，避免食用不洁食物和刺激性食物。如果出现异常情况，应及时就医，以便保障自身和胎儿的健康。