三岁宝宝脸上起小疙瘩，可能是由以下原因引起的：
1.湿疹：如果宝宝属于过敏体质，接触过敏原后可能会引发湿疹，导致脸上起小疙瘩。此外，宝宝皮肤娇嫩，若经常受到摩擦、刺激，也可能出现湿疹。湿疹可伴有瘙痒感，若宝宝经常搔抓，可能会导致皮肤破损、感染。如果是湿疹，可在医生的指导下使用湿疹膏、氧化锌软膏等药物进行治疗。同时，要注意保持宝宝皮肤清洁、干燥，避免过度摩擦和刺激。
2.痱子：当宝宝出汗较多，且没有及时清理时，可能会导致汗腺堵塞，从而引起痱子。痱子通常会出现在宝宝的额头、颈部、背部等部位，表现为红色的小疙瘩。要注意保持宝宝皮肤清洁、干燥，及时清理汗液。如果痱子比较严重，可以在医生的指导下使用痱子粉、炉甘石洗剂等药物进行治疗。
3.痤疮：如果宝宝在出生后皮脂腺分泌旺盛，且没有及时清理，可能会导致皮脂腺堵塞，从而引起痤疮。痤疮通常会出现在宝宝的额头、鼻部、下巴等部位，表现为红色的小疙瘩。要注意保持宝宝皮肤清洁、干燥，避免过度摩擦和刺激。如果痤疮比较严重，可以在医生的指导下使用红霉素软膏、百多邦软膏等药物进行治疗。
4.其他原因：宝宝脸上起小疙瘩还可能与蚊虫叮咬、病毒感染、细菌感染等有关。如果宝宝的症状持续不缓解或加重，建议及时就医，明确病因后进行针对性治疗。
总之，三岁宝宝脸上起小疙瘩的原因较多，需要根据具体情况进行分析。如果宝宝的症状持续不缓解或加重，建议及时就医，明确病因后进行针对性治疗。同时，要注意保持宝宝皮肤清洁、干燥，避免过度摩擦和刺激。