宝宝三岁脸上有小疙瘩，可能是由以下原因引起的：
1.湿疹：如果宝宝属于易过敏体质，接触过敏原后，可能会引发湿疹，导致脸上出现小疙瘩。此外，宝宝穿的衣物材质粗糙、生活环境温度过高等，也可能会诱发湿疹。湿疹可能会反复发作，若不及时治疗，还可能会出现皮肤感染的情况。家长可以在医生的指导下给宝宝使用湿疹膏、氧化锌软膏等药物进行治疗。同时，要注意保持宝宝皮肤清洁，避免让宝宝抓挠患处。
2.痤疮：宝宝三岁时，体内的激素水平可能会发生变化，从而导致皮脂腺分泌旺盛。如果皮脂腺分泌的皮脂不能及时排出，就可能会堵塞毛孔，形成痤疮。痤疮通常会出现在宝宝的面部、背部等部位，表现为红色的丘疹或脓疱。家长要注意宝宝的皮肤清洁，避免让宝宝使用刺激性的护肤品和化妆品。同时，要让宝宝多喝水，多吃新鲜的蔬菜和水果，避免食用辛辣、油腻的食物。如果痤疮比较严重，家长可以在医生的指导下给宝宝使用阿达帕林凝胶、夫西地酸乳膏等药物进行治疗。
3.痱子：如果宝宝生活的环境温度过高，或者宝宝出汗过多，就可能会导致汗腺堵塞，形成痱子。痱子通常会出现在宝宝的颈部、腋窝、肘窝等部位，表现为红色的丘疹或水疱。家长要注意保持宝宝生活环境的温度适宜，避免让宝宝长时间处于高温环境中。同时，要注意保持宝宝皮肤清洁，及时给宝宝更换衣物。如果痱子比较严重，家长可以在医生的指导下给宝宝使用炉甘石洗剂、痱子粉等药物进行治疗。
4.其他：宝宝三岁脸上有小疙瘩，还可能是由蚊虫叮咬、手足口病、传染性软疣等原因引起的。如果宝宝脸上的小疙瘩持续不消退或逐渐加重，家长应及时带宝宝就医，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。