月经期间自慰可能会导致月经不调，需要及时就医，医生一般会根据具体情况采取以下治疗措施：
1.调整生活方式：医生会建议患者调整生活方式，包括保持良好的作息习惯、避免过度劳累、保持心情愉悦等，以帮助调节月经。
2.药物治疗：如果月经不调的症状较为严重，医生可能会开具一些药物进行治疗，如调节内分泌的药物、止血药物等。患者应按照医生的建议按时服药。
3.心理治疗：对于因自慰导致心理压力过大而引起月经不调的患者，医生可能会建议进行心理治疗，如心理咨询、心理疏导等，以帮助患者缓解心理压力。
4.治疗原发病：如果月经不调是由于其他疾病引起的，如子宫内膜异位症、子宫肌瘤等，医生会针对原发病进行治疗，以从根本上解决月经不调的问题。
需要注意的是，月经期间自慰可能会导致细菌上行感染，引起盆腔炎、子宫内膜炎等妇科疾病。因此，建议女性在月经期间尽量避免自慰，保持会阴部清洁卫生，勤换卫生巾，同时注意保暖，避免着凉。如果出现月经不调等异常情况，应及时就医，以免延误病情。