咳嗽时肚子两侧疼，可能与腹肌牵扯、腹部疾病等有关。
剧烈咳嗽时，腹部肌肉（尤其是腹外斜肌和腹内斜肌）会不自主地收缩，以帮助固定腹部内脏。如果腹肌存在慢性劳损或急性拉伤，收缩时就可能产生疼痛。
此外，一些腹部疾病也可能导致咳嗽时肚子两侧疼，比如：
1.胸膜炎或肺炎：咳嗽可能是这些疾病的首发症状，炎症刺激胸膜可引起胸痛，疼痛可能会放射到腹部。
2.胃溃疡或十二指肠溃疡：胃酸反流刺激食管，也可能引起咳嗽，同时伴有腹部疼痛。
3.腹部肿瘤：如肝癌、胰腺癌等，肿瘤侵犯或压迫周围组织，可引起腹痛，咳嗽时腹部压力增加，可能使疼痛加重。
如果咳嗽时肚子两侧疼的症状持续不缓解或加重，建议及时就医，进行相关检查，如胸部X线或CT、腹部超声等，以明确病因，并在医生的指导下进行针对性治疗。同时，在咳嗽未愈之前，应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，以免加重腹部疼痛。