通输卵管时一般会有一定程度的疼痛，但疼痛程度因人而异。
与输卵管通畅程度相关
若输卵管通畅，操作时疼痛相对较轻；若输卵管不通或通而不畅，操作时阻力较大，疼痛会较明显。比如输卵管完全堵塞的患者，在通液过程中可能会感受到较为剧烈的胀痛。
与操作方式有关
目前常见的通输卵管方式有输卵管通液和输卵管造影等。输卵管通液相对来说疼痛程度可能稍低，但准确性稍差；输卵管造影时因为需要注入造影剂，疼痛可能会比单纯通液略明显一些，但能更清晰显示输卵管情况。
与个体痛觉敏感度有关
不同女性痛觉敏感度不同，痛觉敏感的女性可能会觉得通输卵管时疼痛更明显，而痛觉耐受较好的女性可能感觉相对没那么强烈。比如年轻女性中痛觉敏感者可能会因通输卵管感到较强烈不适，而痛觉耐受好的女性可能能相对轻松应对。
与术前准备有关
术前如果患者紧张焦虑，会使痛觉感知更敏锐，导致感觉更疼；而术前做好心理疏导，放松心情的话，可能会减轻对疼痛的感受。比如术前通过与医生沟通交流缓解紧张情绪的患者，在通输卵管时可能疼痛感受会相对轻些。