X染色体和Y染色体是人类性染色体，X染色体较长，携带较多基因；Y染色体较短，有决定男性性别的关键基因SRY等。
基因数量与功能差异
X染色体含约1000多个基因，涉及众多生理功能，如视觉、凝血等；Y染色体含基因较少，主要与男性生殖相关基因等有关。
性染色体组成差异
女性体细胞性染色体组成为XX，两条X染色体；男性体细胞性染色体组成为XY，一条X和一条Y染色体。
遗传特性不同
X染色体上基因遗传与性别有一定关联，伴X隐性遗传男性患病概率较高；Y染色体上基因只能由父亲传给儿子，具有父系遗传特性。
对发育影响不同
X染色体相关基因影响女性多种生理发育过程；Y染色体决定男性性腺发育为睾丸，进而影响男性第二性征等发育。对于孕妇而言，若胎儿性染色体异常可能导致染色体疾病，需进行产前筛查；对于儿童，性染色体正常是正常生长发育的基础，若发现性染色体异常相关表现，应及时就医检查。