上牙牙根发黑可能是以下原因导致的：
1.外源性色素沉着：长期吸烟、喝咖啡、喝茶等，可能会使色素沉着在牙齿表面，从而导致上牙牙根发黑。
2.龋齿：如果牙齿龋坏，会导致牙齿颜色改变，出现黑色龋洞。
3.牙髓坏死：牙齿受到外伤、龋齿等原因导致牙髓坏死，血液中的血红蛋白分解产物会使牙齿变黑。
4.牙结石：牙结石长期堆积在牙齿表面，会使牙齿变黄、变黑。
5.四环素牙：在牙齿发育期间，服用了四环素类药物，会导致牙齿着色，呈现出棕褐色或深灰色。
6.氟斑牙：长期饮用含氟量过高的水，会导致牙齿釉质发育不全，出现白垩色斑块，严重时会出现黄褐色或黑色斑块。
如果上牙牙根发黑，建议及时就医，明确原因，并采取相应的治疗措施。以下是一些可能的治疗方法：
1.洁牙：通过洗牙可以去除牙齿表面的牙结石、菌斑和色素沉着，使牙齿恢复洁白。
2.补牙：如果牙齿龋坏，需要及时补牙，以防止龋坏进一步加重。
3.根管治疗：如果牙髓坏死，需要进行根管治疗，去除坏死的牙髓组织，然后进行根管充填。
4.牙齿美白：可以通过冷光美白、贴面美白等方法，使牙齿恢复洁白。
5.修复治疗：如果牙齿缺损较大，可以进行修复治疗，如烤瓷牙、全瓷牙等。
此外，日常生活中应注意保持口腔卫生，定期洗牙，避免吸烟、喝咖啡、喝茶等，以预防牙齿变色。