小便时有疼痛感觉可能由以下原因引起：
1.炎症：尿道炎、膀胱炎等炎症可导致小便时疼痛。炎症会使尿道黏膜充血、水肿，刺激神经末梢，引起疼痛。此外，还可能伴有尿频、尿急、尿不尽等症状。
2.感染：细菌、真菌、病毒等感染也可能导致小便疼痛。常见的感染包括性传播疾病、泌尿系统感染等。感染会引起炎症反应，导致尿痛。
3.结石：尿路结石，如肾结石、输尿管结石等，可在排尿过程中刺激尿道或输尿管，引起疼痛。结石还可能导致尿路梗阻，引起排尿困难。
4.外伤：尿道损伤、膀胱损伤等外伤也可能导致小便疼痛。外伤会引起尿道或膀胱黏膜的破损，导致疼痛和出血。
5.其他原因：前列腺疾病、尿道口狭窄、泌尿系统肿瘤等也可能引起小便疼痛。此外，药物副作用、心理因素等也可能导致排尿时疼痛感觉。
如果出现小便疼痛，应及时就医，进行相关检查，如尿液检查、超声检查等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，应注意个人卫生，多喝水，避免憋尿，保持尿路清洁。在治疗期间，应避免性生活，以免加重病情。