小便时有疼痛可能由以下原因引起：
1.尿路感染：如尿道炎、膀胱炎等，通常还会伴有尿频、尿急、尿不尽等症状。可在医生的指导下使用抗生素进行治疗，如左氧氟沙星、阿莫西林等。
2.前列腺炎：多见于中青年男性，还可能伴有会阴部、耻骨上区、腹股沟区等部位的疼痛。可使用坦索罗辛、多沙唑嗪等药物缓解症状。
3.尿路结石：如输尿管结石、肾结石等，可引起剧烈的肾绞痛，疼痛可向会阴部及大腿内侧放射。较小的结石可通过多喝水、多运动自行排出，较大的结石则需要进行体外冲击波碎石或手术取石。
4.其他：如尿道口息肉、膀胱肿瘤等也可能导致小便时疼痛。
如果出现小便时疼痛的症状，建议及时就医，明确病因后进行针对性治疗。同时，要注意个人卫生，多喝水，勤排尿，避免憋尿。