孕39周腰疼的厉害可能是由于以下原因：
1.激素水平变化：怀孕后，女性体内的激素水平会发生变化，尤其是松弛素的分泌增加，这会导致骨盆韧带和腰部关节的松弛，从而引起腰疼。
2.体重增加：随着孕期的增加，胎儿的体重也会逐渐增加，这会导致身体的重心前移，增加腰部的负担，引起腰疼。
3.缺钙：孕期需要大量的钙来满足胎儿的生长发育，如果孕妇缺钙，会导致骨质疏松，引起腰疼。
4.劳累：孕期腰部的负担增加，如果过度劳累或长时间保持一个姿势，会引起腰疼。
5.其他：孕妇的体型变化、运动量减少、坐姿不正确等也可能导致腰疼。
治疗方法：
1.休息：孕期要注意休息，避免过度劳累，尤其是腰部的劳累。
2.热敷：可以用热水袋或热毛巾热敷腰部，缓解疼痛。
3.按摩：轻轻按摩腰部，缓解肌肉紧张。
4.补钙：孕期要注意补钙，可以通过饮食或药物补充。
5.纠正姿势：保持正确的坐姿和站姿，避免长时间弯腰或久坐。
6.适量运动：孕期可以适量运动，如散步、孕妇瑜伽等，有助于缓解腰疼。
7.就医：如果腰疼严重，或伴有其他症状，如阴道出血、腹痛等，应及时就医，排除其他并发症的可能。
总之，孕39周腰疼的厉害是正常的现象，但也需要引起重视，如果症状持续不缓解或加重，应及时就医。同时，孕期要注意休息，保持正确的姿势，适量运动，注意补钙，以缓解腰疼的症状。