12岁小女孩内裤发黄不干净可能是幼女外阴炎、幼女性阴道炎、非特异性外阴炎等疾病导致。不同疾病的病因不同，具体如下：
1.幼女外阴炎：
病因：婴幼儿的解剖结构尚未发育成熟，且雌激素水平低，阴道上皮薄，抗感染能力弱，容易受到外界病原体的感染。此外，不注意卫生、外阴不洁、大便污染、外阴损伤或蛲虫感染等也可能导致幼女外阴炎。
病因导致症状的原理：病原体感染婴幼儿外阴后，会引起外阴炎症，导致阴道分泌物增多，出现内裤发黄不干净的现象。
治疗方法：保持外阴清洁、干燥，针对病原体选择相应的抗生素治疗。
2.幼女性阴道炎：
病因：主要与外阴炎类似，此外，还可能与阴道异物、蛲虫感染等有关。
病因导致症状的原理：病原体感染或异物刺激会导致阴道炎症，使分泌物增多，出现内裤发黄不干净的现象。
治疗方法：保持外阴清洁，针对病原体选择相应的抗生素治疗。异物应及时取出。
3.非特异性外阴炎：
病因：可能与婴幼儿外阴发育差、雌激素水平低、阴道上皮薄、抵抗力弱等有关，此外，尿液、粪便、经血等刺激，以及化纤内裤、卫生巾等的刺激也可能导致非特异性外阴炎。
病因导致症状的原理：炎症刺激会导致外阴皮肤黏膜充血、肿胀，分泌物增多，出现内裤发黄不干净的现象。
治疗方法：保持外阴清洁、干燥，减少摩擦，针对病因进行治疗。
如果小女孩内裤发黄不干净的情况持续存在或伴有其他症状，如外阴瘙痒、疼痛、红肿等，建议及时就医，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长应注意小女孩的外阴清洁，每天用温水清洗外阴，勤换内裤，选择纯棉、透气的内裤，并避免使用刺激性的清洁用品。