一、增加感染风险
大姨妈没走干净时，女性宫颈口处于相对开放状态，此时同房，外界细菌等病原体容易进入阴道、子宫颈甚至子宫腔内，引发感染。例如，有研究表明，经期同房女性发生盆腔炎的风险显著增加，盆腔炎可导致下腹疼痛、阴道分泌物异常等，且若不及时治疗，可能会影响生育功能，如引起输卵管粘连、堵塞等，进而导致不孕不育。不同年龄段的女性都可能面临这种风险，尤其是有性生活史的育龄女性，风险相对更高。生活方式上有经期同房习惯的女性需特别注意。
二、导致月经失调
同房刺激可能会干扰子宫的正常收缩和内膜的修复，使子宫异常收缩，导致月经血逆流，进而引起月经周期紊乱、月经量增多或减少等情况。比如一些女性在经期同房后，可能出现月经经期延长、经量较之前明显增多或减少的现象。这种情况在青春期女性和育龄女性中都可能发生，青春期女性本身内分泌调节还不完善，经期同房更容易影响月经规律；育龄女性若频繁出现这种情况，可能会对生殖内分泌系统产生不良影响。
三、引发子宫内膜异位症
月经没走干净时同房，子宫收缩可能会使子宫内膜碎片通过输卵管逆流到盆腔等部位，种植在其他组织器官表面，从而引发子宫内膜异位症。子宫内膜异位症会导致痛经进行性加重、慢性盆腔痛等症状，严重影响女性的生活质量，且可能影响生育。任何年龄段有经期同房行为的女性都有患子宫内膜异位症的风险，尤其是本身有子宫内膜异位症家族史的女性，风险可能更高。
四、对男性健康的潜在影响
对于男性来说，经期同房也可能带来一定健康风险。女性月经血可能会接触到男性生殖器官，引发男性的过敏反应等，如部分男性可能出现阴茎局部瘙痒、红肿等不适症状。不过相对女性而言，男性的健康风险主要集中在局部接触性的不适反应上，但也不可忽视。
特殊人群方面，育龄女性若出现经期同房后月经异常、腹痛等情况，应及时就医检查；青春期女性要加强健康教育，让其了解经期同房的危害，避免因缺乏知识而发生经期同房行为；有生育计划的女性更要重视经期同房对生育功能的潜在影响，尽量避免经期同房，以维护自身生殖健康。