黑枸杞与红枸杞在功效上有一定差异。黑枸杞中花青素含量相对较高，具有一定抗氧化等作用；红枸杞则在传统的滋补肝肾等方面应用更为广泛。
一、抗氧化方面
黑枸杞因富含花青素，抗氧化能力相对较强，花青素作为一种强效抗氧化剂，能清除体内自由基，延缓细胞衰老。研究表明，花青素对减轻氧化应激损伤有一定作用。而红枸杞虽也有抗氧化成分，但相对黑枸杞在这方面的表现略有不同。
二、滋补肝肾侧重
红枸杞在滋补肝肾方面较为经典，中医认为其能补肝肾、益精气等。对于一些因肝肾不足引起的头晕目眩等症状有一定的调理作用。黑枸杞在这方面也有一定功效，但侧重点与红枸杞有所差异，黑枸杞在调节机体免疫等方面也有一定体现。
三、对眼睛的影响
红枸杞对于缓解眼睛疲劳等有一定帮助，传统上常用于因肝血不足等导致的视物模糊等情况。黑枸杞中的花青素对眼睛也有益处，能在一定程度上保护视网膜等，对改善视力等有潜在作用，但相关作用机制还需进一步深入研究。
四、适应人群差异
一般来说，健康人群可根据自身需求选择。但对于一些特殊人群，如孕妇等，在食用前需谨慎考虑。红枸杞相对较为平和，适用人群相对广泛些；黑枸杞虽然也有诸多益处，但特殊人群食用时需遵循专业建议，因为其成分相对特殊，可能对特殊人群有不同影响。