眼睛不舒服并伴有头疼，可能是由于以下原因引起的：
1.眼睛疾病：
屈光不正（近视、远视、散光）：当眼睛的屈光状态异常时，会导致远处或近处的物体无法清晰成像在视网膜上，从而引起眼睛疲劳、头痛等症状。
青光眼：眼压升高可损害视神经，导致视野缺损和视神经萎缩，常伴有头痛、眼痛、恶心、呕吐等症状。
角膜炎、结膜炎：眼部炎症可刺激神经末梢，引起眼睛疼痛和头痛。
干眼症：泪液分泌不足或质量下降，导致眼睛干涩、疲劳、疼痛，甚至头痛。
2.神经系统疾病：
偏头痛：偏头痛是一种常见的神经系统疾病，常表现为单侧头部搏动性头痛，可伴有恶心、呕吐、畏光、畏声等症状，部分患者可能出现眼部症状，如视物模糊、闪光、亮点等。
紧张型头痛：头部紧束感、压迫感或钝痛，可伴有颈部僵硬、肩背部疼痛，也可能引起眼部不适和头痛。
三叉神经痛：面部三叉神经分布区域内反复发作的阵发性剧烈神经痛，可表现为电击样、刀割样、针刺样或烧灼样疼痛，有时可伴有流泪、流涕、面部潮红等症状。
3.其他原因：
药物副作用：某些药物，如抗抑郁药、降压药等，可能引起眼部不适和头痛。
头部外伤：头部受到撞击或剧烈震动后，可能导致眼部和头部疼痛。
全身性疾病：颈椎病、贫血、感染、中毒等全身性疾病也可能引起眼睛不舒服和头疼。
治疗方法：
1.针对病因治疗：如屈光不正可配镜矫正，青光眼需药物或手术治疗，角膜炎、结膜炎需使用抗生素或抗病毒药物治疗，偏头痛可使用止痛药、抗抑郁药等治疗。
2.眼部护理：保持良好的用眼习惯，避免长时间用眼、过度疲劳；注意眼部卫生，避免感染；使用人工泪液等缓解干眼症状。
3.调整生活方式：保持充足的睡眠，避免熬夜；合理饮食，减少刺激性食物的摄入；适度运动，缓解压力。
4.对症治疗：如疼痛明显可使用止痛药，眼部不适可使用眼药水等。
如果眼睛不舒服和头疼症状持续不缓解或加重，建议及时就医，进行详细的眼部检查和神经系统检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。此外，在日常生活中，应注意眼部保健，避免长时间使用电子设备，定期进行眼部检查，及时发现和治疗眼部疾病。