上厕所小便有疼痛，可能是以下原因引起：
1.尿路感染：如尿道炎、膀胱炎等，通常还伴有尿频、尿急、尿道口红肿等症状。可通过尿常规等检查明确诊断，在医生的指导下使用抗生素进行治疗，如左氧氟沙星、头孢呋辛酯等。同时，要注意多喝水，促进排尿，有助于病情恢复。
2.尿路结石：如肾结石、输尿管结石等，可引起排尿疼痛，还可能伴有血尿、恶心、呕吐等症状。较小的结石可以通过多喝水、多运动等方式自行排出，较大的结石则需要进行体外冲击波碎石或手术治疗。
3.前列腺炎或前列腺增生：男性患者中较为常见，可引起排尿疼痛、尿急、尿频、尿不尽等症状。治疗方法包括药物治疗、物理治疗、手术治疗等，具体治疗方案需根据病情而定。
4.其他原因：尿道口息肉、膀胱癌、尿道狭窄等也可能导致小便疼痛。
如果出现上厕所小便疼痛的症状，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，要注意个人卫生，保持尿道口清洁，多喝水，避免憋尿。在治疗期间，应避免食用辛辣、刺激性食物，以免加重病情。