经期后第三天同房是否会怀孕，取决于女性的月经周期是否规律。如果月经周期规律，一般不会怀孕；如果月经周期不规律，可能会怀孕，但怀孕的几率较小。
1.不会怀孕的情况：
月经周期规律：女性的排卵日一般在下次月经来潮前的14天左右，排卵日的前5天和后4天，连同排卵日在内共10天称为排卵期。如果女性的月经周期规律，经期后第三天通常处于安全期，同房怀孕的几率较小。
已绝经：女性绝经后，卵巢功能衰退，不再排卵，即使同房也不会怀孕。
2.可能会怀孕的情况：
月经周期不规律：如果女性的月经周期不规律，排卵时间也会不规律，可能会提前或延后，此时经期后第三天可能已经进入排卵期，同房怀孕的几率较大。
额外排卵：少数女性可能会出现额外排卵，即在非排卵期也会排卵，这也会增加怀孕的几率。
需要注意的是，安全期避孕法并不可靠，因为排卵时间可能会受到情绪、环境、疾病等因素的影响而发生改变。此外，精子在女性体内可能会存活3-5天，即使在安全期，同房时也可能会有精子进入女性体内，导致怀孕。
如果没有怀孕的计划，建议在同房时采取有效的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等。同时，也要注意个人卫生，避免感染疾病。如果出现月经推迟、恶心、呕吐等症状，应及时进行验孕检查，以确定是否怀孕。