怀孕40天小腹隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胚胎的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现牵拉痛或不适感，这是正常的生理现象。
2.激素变化：怀孕后，女性体内的激素水平会发生变化，这也可能导致小腹隐隐作痛。
3.先兆流产：如果小腹疼痛同时伴有阴道流血，可能是先兆流产的迹象。需要及时就医，进行保胎治疗。
4.宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫以外的部位着床发育，如输卵管、卵巢等。宫外孕可能会导致小腹疼痛，甚至出现大出血等危险情况。
5.其他原因：如子宫肌瘤、盆腔炎等疾病，也可能导致小腹疼痛。
如果怀孕40天小腹隐隐作痛，建议采取以下措施：
1.注意休息：避免过度劳累和剧烈运动，尽量卧床休息。
2.调整饮食：避免食用辛辣、刺激性食物，多吃易消化、营养丰富的食物。
3.保持心情愉悦：避免紧张、焦虑等不良情绪，保持心情愉悦。
4.观察症状：注意观察疼痛的程度、频率、是否伴有阴道流血等症状，如果症状加重或出现其他异常，应及时就医。
5.就医检查：在医生的指导下进行相关检查，如B超、孕酮、HCG等，以确定疼痛的原因，并采取相应的治疗措施。
需要注意的是，每个人的身体状况不同，怀孕后的反应也可能不同。如果对小腹疼痛的原因存在疑虑或担忧，建议及时咨询医生，以确保自身和胎儿的健康。