怀孕40天时小腹隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。在这个过程中，子宫可能会出现牵拉痛或不适感，这是正常的生理现象。
2.激素变化：怀孕后，女性体内的激素水平会发生变化，这也可能导致小腹隐隐作痛。
3.先兆流产：如果小腹疼痛同时伴有阴道出血，可能是先兆流产的迹象。需要及时就医，进行保胎治疗。
4.宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫以外的部位着床发育，如果不及时处理，可能会导致大出血等严重后果。宫外孕也可能导致小腹疼痛，需要通过超声检查等方式进行诊断。
5.其他：膀胱炎、肠胃炎等疾病也可能引起小腹疼痛。
如果怀孕40天时出现小腹隐隐作痛，建议及时就医，进行相关检查，以确定疼痛的原因，并采取相应的措施。同时，在孕期要注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，注意饮食卫生，避免食用不洁食物。如果疼痛加剧或伴有其他异常症状，应立即就医。