三个月男婴咳嗽有痰，可在医生指导下使用以下药物：
1.化痰药：如氨溴索、溴己新等，能稀释痰液，促进痰液排出。
2.止咳药：如果咳嗽严重，可使用止咳药，如右美沙芬等。但要注意，婴儿咳嗽反射较弱，痰液不易咳出，一般不建议使用强烈的止咳药。
3.抗生素：如果咳嗽有痰是由细菌感染引起的，医生可能会开抗生素，如头孢克洛、阿莫西林等。使用抗生素需要严格按照医嘱，不能自行增减剂量或停药。
4.中药：一些中药也有化痰止咳的作用，如小儿肺热咳喘口服液、小儿止咳糖浆等。但使用中药需要注意辩证论治，最好在医生的指导下使用。
此外，在给宝宝用药时，还需要注意以下几点：
1.按照医生的建议用药，不要自行增减剂量或更换药物。
2.注意药物的不良反应，如果宝宝出现皮疹、腹泻等不良反应，应及时停药并就医。
3.给宝宝喂药时，要注意将药物摇匀，避免药物分层影响药效。
4.宝宝咳嗽有痰时，要注意多喂水，保持呼吸道湿润，有助于痰液咳出。
5.如果宝宝咳嗽有痰的症状持续不缓解或加重，应及时就医，以免延误病情。