三个月大的宝宝咳嗽有痰，可在医生的指导下使用以下药物：
1.祛痰药：如果宝宝咳嗽有痰，影响日常生活，医生可能会建议使用祛痰药，如氨溴索、氨溴特罗等，这些药物可以稀释痰液，促进痰液排出。
2.止咳药：如果宝宝咳嗽较为剧烈，影响睡眠或进食，医生可能会使用止咳药，如右美沙芬、福尔可定等。但需要注意，宝宝咳嗽反射较弱，不易咳出痰液，使用止咳药可能会使痰液积聚在呼吸道内，加重感染。因此，在使用止咳药时，需要权衡利弊。
3.抗生素：如果宝宝咳嗽有痰是由细菌感染引起的，医生可能会使用抗生素，如头孢克洛、阿莫西林等。但需要注意，抗生素不能滥用，只有在明确细菌感染的情况下才使用。
4.中药：一些中药也具有祛痰止咳的作用，如川贝母、枇杷叶等。但需要注意，中药的使用需要在医生的指导下进行，避免药物不良反应的发生。
此外，在给宝宝服用药物时，需要注意以下几点：
1.按照医生的建议使用药物，不要自行增减剂量。
2.注意药物的不良反应，如果宝宝出现皮疹、腹泻等不良反应，需要及时就医。
3.避免同时使用多种药物，以免药物之间发生相互作用。
4.给宝宝喂药时，可以将药物溶解在适量的温开水中，使用小勺或滴管慢慢喂给宝宝。
5.在宝宝咳嗽有痰期间，需要注意保持室内空气湿润，适当增加宝宝的饮水量，有助于痰液的咳出。
需要注意的是，每个宝宝的病情不同，对药物的反应也可能不同。因此，在给宝宝使用药物之前，最好先咨询医生的意见，以确保药物的安全有效。