跑步后臀部两侧痛，可能与以下原因有关。
1.肌肉疲劳：跑步时，臀部的肌肉会反复收缩和伸展，如果跑步时间过长或强度过大，肌肉容易疲劳，引起疼痛。
2.肌肉拉伤：在跑步过程中，如果突然加大跑步速度或改变跑步姿势，可能导致臀部肌肉拉伤，引起疼痛。
3.髋关节滑膜炎：髋关节滑膜炎是一种无菌性炎症，可能与感染、创伤、过度运动等有关。跑步后可能出现髋关节疼痛、肿胀等症状。
4.腰椎间盘突出症：当腰椎间盘突出时，可能压迫神经根，引起臀部、腿部疼痛。跑步等运动可能加重症状。
5.其他：臀部的骨骼、关节、韧带等结构异常，也可能导致跑步后臀部两侧痛。
如果跑步后臀部两侧痛持续不缓解，或伴有其他症状，如腿部麻木、无力、腰痛等，建议及时就医，进行相关检查，如X线、CT、磁共振成像（MRI）等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。
在日常生活中，为了预防跑步后臀部两侧痛，可以采取以下措施。
1.做好热身和拉伸运动：在跑步前，进行充分的热身运动，活动全身关节，拉伸臀部、腿部肌肉，预防肌肉拉伤。
2.控制跑步强度和时间：根据自身情况，逐渐增加跑步的强度和时间，避免过度疲劳。
3.保持正确的跑步姿势：保持身体正直，头部保持稳定，不要左右晃动；手臂自然摆动，不要过度用力；步伐适中，不要过大或过小。
4.选择合适的跑鞋：跑鞋的选择很重要，应选择适合自己脚型、体重和跑步方式的跑鞋，提供良好的支撑和减震效果。
5.注意休息：避免连续跑步，给身体足够的休息时间，让肌肉恢复。
6.加强臀部肌肉力量训练：通过臀桥、深蹲等练习，增强臀部肌肉力量，提高肌肉的耐力和稳定性。
总之，跑步后臀部两侧痛可能是多种原因引起的，如果症状持续不缓解或加重，建议及时就医，以便明确诊断并采取相应的治疗措施。同时，采取预防措施，保持正确的跑步姿势，加强肌肉力量训练，选择合适的跑鞋，注意休息等，有助于减少疼痛的发生。