排卵期同房后两三天小腹疼痛，可能是以下原因引起：
1.卵子排出：女性在排卵期时，卵子会从卵巢中排出，这一过程可能会导致小腹疼痛。这种疼痛通常比较轻微，持续时间也较短。
2.受精卵着床：如果在排卵期同房后成功受孕，受精卵会在子宫内着床，这也可能引起小腹疼痛。着床过程一般在受孕后6-12天发生，但这种疼痛通常很轻微，且时间不长。
3.感染：在排卵期进行性生活时，如果没有注意卫生，可能会导致细菌感染，引起盆腔炎、宫颈炎等妇科炎症，从而出现小腹疼痛的症状。
4.其他：排卵期同房后两三天小腹疼痛还可能与其他因素有关，如腹部受凉、剧烈运动等。
需要注意的是，如果疼痛持续时间较长、程度较重，或伴有其他不适症状，如阴道出血、白带异常等，应及时就医，进行相关检查，以排除其他潜在的疾病。此外，在排卵期进行性生活时，应注意卫生，采取适当的避孕措施，以预防感染和意外怀孕。如果有怀孕的计划，可以在排卵期增加性生活的频率，提高受孕的机会。如果对排卵期同房后的身体反应有任何疑虑，最好咨询医生的意见。