头疼时，选择做CT检查还是核磁共振检查，取决于多种因素。以下是一些需要考虑的因素：
1.病因：CT检查对脑部结构的异常（如肿瘤、出血、梗死等）较为敏感，而核磁共振检查对脑部软组织的分辨力更高，能更好地显示脑部的结构和功能异常。因此，如果怀疑脑部有结构性病变，如肿瘤、血管畸形等，CT检查可能是首选；如果怀疑脑部有炎症、变性、脱髓鞘等病变，核磁共振检查可能更合适。
2.症状：如果头疼伴有其他神经系统症状，如抽搐、失语、感觉异常、视力障碍等，核磁共振检查可能更有帮助，因为它可以提供更全面的脑部信息。如果头疼是由于外伤引起的，CT检查可以快速排除是否有颅骨骨折和颅内出血等紧急情况。
3.病史：如果有脑部疾病的病史，如脑梗死、脑出血、脑肿瘤等，或者有其他系统性疾病，如糖尿病、高血压、癫痫等，医生可能会根据病史选择更适合的检查。
4.检查禁忌：CT检查和核磁共振检查都有一些禁忌证，如体内有金属植入物、幽闭恐惧症等。在选择检查时，需要告知医生这些情况。
5.检查时间和费用：CT检查相对较快，费用较低；核磁共振检查时间较长，费用较高。在选择检查时，需要考虑个人的时间和经济情况。
综上所述，头疼时选择做CT检查还是核磁共振检查，需要根据具体情况综合考虑。医生会根据患者的症状、病史、检查目的等因素，选择最适合的检查方法。如果对检查的选择有疑问，建议与医生充分沟通，了解各种检查的优缺点，以便做出明智的决策。