头疼可能由多种原因引起，如头部损伤、感染、神经系统问题等。在这种情况下，医生通常会根据具体情况来决定进行CT还是核磁共振检查，或者可能会建议进行其他检查，以下是一些需要考虑的因素：
1.病史和症状：医生会询问头疼的特点、发作频率、加重或缓解因素等。如果头疼伴有其他症状，如呕吐、意识不清、抽搐、麻木或无力等，可能需要进行更详细的检查。
2.神经系统检查：医生会进行神经系统检查，以评估头部、颈部和神经系统的功能。如果发现任何异常体征，可能会建议进行特定的影像学检查。
3.外伤情况：如果头疼是由于头部受伤引起的，CT通常是首选检查，因为它可以快速检测头部是否有骨折、出血或其他损伤。
4.其他因素：医生还会考虑患者的年龄、健康状况、个人病史、药物使用情况等因素。某些情况下，可能需要进行其他检查或结合多种检查方法来明确诊断。
一般来说，如果头疼的原因不明确、症状严重或持续不缓解，医生可能会建议进行CT或核磁共振检查，以帮助确定病因并制定适当的治疗方案。在某些情况下，可能还需要进行腰椎穿刺、脑电图等进一步检查。
需要注意的是，影像学检查只是辅助诊断的手段，医生会根据具体情况综合判断并制定最合适的诊疗方案。如果对头疼的原因和检查方法有疑问，应与医生进行充分的沟通，以便做出明智的决策。此外，如果头疼严重或伴有其他严重症状，应立即就医或拨打急救电话。