蹲下起来膝盖疼的原因及治疗方法主要有以下几点：
1.髌骨软化症：
病因：膝关节屈伸活动时，髌骨与股骨髁之间发生相互摩擦、碰撞，导致髌骨软化。
病因导致症状的原理：由于髌骨软骨的营养障碍、软骨肿胀、龟裂、破碎、侵蚀、脱落，最后与之相对的股骨髁软骨也发生相同的病理改变，而形成髌股关节的骨关节病。
治疗方法：
非手术治疗：适当休息，避免深蹲、负重，加强股四头肌的功能锻炼，口服硫酸氨基葡萄糖、双醋瑞因等药物，关节内注射玻璃酸钠等。
手术治疗：如果非手术治疗无效，可考虑手术治疗，包括髌骨软骨切削术、髌骨成形术、膝关节镜下髌骨软骨切削术等。
2.半月板损伤：
病因：膝关节扭伤、长期挤压、磨损等。
病因导致症状的原理：半月板损伤后，会出现膝关节疼痛、肿胀、弹响、交锁等症状。
治疗方法：
非手术治疗：急性损伤时，应立即冷敷，加压包扎，抬高患肢，休息2周。慢性损伤可采用保守治疗，如局部封闭、理疗、中药外敷等。
手术治疗：如果半月板损伤严重，保守治疗无效，可考虑手术治疗，包括半月板部分切除术、半月板缝合术等。
3.膝关节骨性关节炎：
病因：膝关节长期磨损、老化、外伤等。
病因导致症状的原理：膝关节软骨变性、破坏，骨质增生，从而导致膝关节疼痛、肿胀、畸形等。
治疗方法：
非手术治疗：注意休息，避免膝关节过度负重，可采用热敷、按摩、针灸、理疗等方法缓解症状。
手术治疗：如果膝关节畸形严重，影响生活质量，可考虑手术治疗，包括膝关节置换术、截骨术等。
4.其他原因：
滑膜炎：膝关节滑膜受到刺激，产生炎症，导致膝关节疼痛、肿胀。
韧带损伤：膝关节内外侧副韧带、前后交叉韧带损伤，也会导致膝关节疼痛、肿胀、活动受限。
感染：膝关节感染，如化脓性关节炎、结核性关节炎等，也会导致膝关节疼痛、肿胀。
总之，蹲下起来膝盖疼的原因很多，治疗方法也不同。如果症状持续不缓解，建议及时就医，明确病因，采取相应的治疗方法。