来月经第二天同房了一般不会怀孕，但可能会引起感染、子宫内膜异位症等，不利于身体健康。具体分析如下：
1.怀孕：怀孕的前提是精子与卵子结合形成受精卵，并在子宫内着床。女性在来月经时，通常不会排卵，因此怀孕的概率较低。但需要注意的是，有些女性的排卵时间可能会受到情绪、环境等因素的影响而提前或推迟，所以即使在月经期间，也不能完全排除怀孕的可能。
2.感染：来月经时，子宫内膜脱落，子宫颈口张开，此时同房容易将细菌带入子宫，引起感染。此外，月经期间女性的免疫力相对较低，更容易感染细菌和病毒。感染可能会导致宫颈炎、子宫内膜炎、盆腔炎等妇科疾病，严重的甚至可能影响生育能力。
3.子宫内膜异位症：经期同房还可能导致经血倒流，使子宫内膜碎片种植在子宫以外的部位，引起子宫内膜异位症。子宫内膜异位症会导致痛经、性交痛、月经不调等症状，严重影响生活质量。
为了女性的身体健康，建议在月经期间避免同房。如果需要同房，最好在月经干净后2-3天再进行。同时，还要注意个人卫生，保持外阴清洁，避免感染。如果在同房后出现腹痛、发热、白带异常等症状，应及时就医，以便早发现、早治疗。