咽口水时耳朵疼，可能与以下原因有关。
1.耳部疾病
中耳炎：咽鼓管功能障碍时，外界空气不能进入中耳，中耳腔原有的气体被逐渐吸收，腔内形成负压，导致中耳黏膜充血、肿胀、毛细血管通透性增加，引发中耳积液，出现耳痛。
外耳道炎：当外耳道皮肤受损伤或局部抵抗力降低时，易引发细菌感染，从而导致外耳道炎。咽口水时，外耳道会受到牵拉，刺激炎症部位，引起疼痛。
2.咽喉疾病
急性咽炎：咽部分布着丰富的淋巴组织，当咽部受到细菌、病毒感染时，可导致急性咽炎。炎症可波及咽鼓管，引起咽鼓管黏膜充血、肿胀，从而导致耳痛。
扁桃体炎：扁桃体炎可引起咽痛，当吞咽口水时，疼痛会放射至耳部。
3.其他原因
颞下颌关节紊乱：咀嚼肌、颞下颌关节及其周围结构受到损伤或劳损，或精神因素等原因导致的颞下颌关节功能紊乱，可引起张口或咀嚼时耳前疼痛。
神经痛：舌咽神经痛、耳大神经痛等神经痛也可表现为耳部疼痛，且疼痛可因吞咽、咀嚼等动作而加剧。
如果出现咽口水时耳朵疼的症状，建议及时就医，明确病因，以便采取相应的治疗措施。