小便后用纸擦有深褐色可能是以下原因导致的：
1.阴道出血：如果女性处于生理期前后，可能是月经血残留；如果不在生理期，可能是妇科疾病引起的，如阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎、子宫肌瘤、宫颈癌等。此外，内分泌失调也可能导致不规则阴道出血。
2.泌尿系统疾病：如果泌尿系统存在感染、结石等问题，也可能导致小便后用纸擦有深褐色，同时可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。
3.其他：除了上述原因外，一些全身性疾病，如血小板减少性紫癜、再生障碍性贫血等，也可能导致皮肤和黏膜出血，从而出现小便后用纸擦有深褐色的情况。
总之，小便后用纸擦有深褐色可能是多种原因引起的，如果出现这种情况，建议及时就医，进行相关检查，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。