小便后用纸擦有褐色分泌物可能是以下原因导致：
1.生理性因素：
月经间期出血：如果处于两次月经中间，即排卵期，可能会出现褐色分泌物，这是由于排卵后雌激素水平下降，引起子宫内膜脱落所致，通常持续2-3天，可伴有轻微腹痛或腰部不适。
怀孕：怀孕后先兆流产、宫外孕等也可能出现褐色分泌物，同时可能伴有腹痛、阴道流血等症状。
口服避孕药：部分女性口服避孕药后，可能出现突破性出血，表现为阴道褐色分泌物。
2.病理性因素：
阴道炎：阴道炎可导致阴道黏膜充血、水肿，分泌物增多，有时可表现为褐色分泌物。
宫颈炎：宫颈炎可导致宫颈黏膜充血、水肿，甚至糜烂，从而引起阴道分泌物增多、褐色或血性分泌物。
子宫内膜息肉：子宫内膜息肉是一种良性病变，可导致子宫不规则出血，表现为褐色分泌物。
子宫肌瘤：黏膜下子宫肌瘤可导致子宫腔面积增大，子宫收缩不良，从而引起月经淋漓不尽，表现为褐色分泌物。
子宫内膜异位症：子宫内膜异位症可导致盆腔粘连、痛经等症状，也可能出现褐色分泌物。
其他：宫颈癌、子宫内膜癌等也可能出现褐色分泌物。
总之，小便后用纸擦有褐色分泌物可能是生理性的，也可能是病理性的。如果持续出现或伴有其他症状，建议及时就医，进行相关检查，如白带常规、B超、性激素六项等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。