支原体与衣原体的区别主要在于以下几个方面：
一、分类地位不同
支原体属于柔膜体纲支原体目支原体科支原体属；衣原体属于衣原体目衣原体科衣原体属。
二、形态结构不同
支原体是一类没有细胞壁的原核生物，大小在0.2-0.5μm之间，呈球形、杆形或丝状等多种形态；衣原体是一类有细胞壁的原核生物，大小在0.2-0.8μm之间，呈圆形或椭圆形。
三、繁殖方式不同
支原体以二分裂方式进行繁殖；衣原体以二分裂方式或形成包涵体的方式进行繁殖。
四、培养特性不同
支原体需要在含有血清、酵母提取物、胆固醇等营养物质的培养基上生长；衣原体则需要在含有鸡胚卵黄囊、组织培养细胞等特殊培养基上生长。
五、所致疾病不同
支原体感染可引起呼吸道、泌尿生殖道、生殖道等部位的感染，如肺炎支原体引起肺炎，脲原体、人形支原体引起泌尿生殖道感染；衣原体感染可引起呼吸道、泌尿生殖道、眼等部位的感染，如肺炎衣原体引起肺炎，沙眼衣原体引起沙眼、包涵体结膜炎等。
六、对抗生素的敏感性不同
支原体对青霉素、头孢菌素等抗生素不敏感，对大环内酯类、四环素类、喹诺酮类等抗生素敏感；衣原体对青霉素、头孢菌素等抗生素敏感，对磺胺类、氨基糖苷类等抗生素不敏感。
综上所述，支原体和衣原体在分类地位、形态结构、繁殖方式、培养特性、所致疾病和对抗生素的敏感性等方面都有所不同。临床医生在诊断和治疗感染性疾病时，需要根据病原体的特点选择合适的抗生素进行治疗。