阴茎上的皮肤长小水泡可能是生殖器疱疹、包皮龟头炎、尖锐湿疣等疾病引起，需要根据具体病因选择合适的治疗方法。
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒感染引起，通过性接触传播。主要表现为阴茎、龟头、冠状沟等部位出现水疱、溃疡，伴有疼痛、瘙痒等症状。治疗方法包括抗病毒药物治疗、局部外用药物治疗、物理治疗等。
2.包皮龟头炎：可由细菌、真菌、滴虫等感染引起，也可能与局部刺激、过敏等因素有关。表现为龟头和包皮内板红肿、疼痛、糜烂、渗出，严重时可出现水疱、脓疱。治疗方法根据病因不同而异，如细菌感染可使用抗生素，真菌感染可使用抗真菌药物，过敏引起的可使用抗过敏药物等。
3.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒感染引起，主要通过性接触传播。表现为阴茎、龟头、冠状沟等部位出现乳头状、菜花状的赘生物，质地柔软，容易出血。治疗方法包括物理治疗、药物治疗、手术治疗等。
需要注意的是，以上治疗方法应在医生的指导下进行，同时要注意个人卫生，保持局部清洁干燥，避免搔抓和摩擦，避免不洁性生活。如果症状持续不缓解或加重，应及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。