阴茎上面皮肤长小水泡可能是生殖器疱疹、尖锐湿疣、过敏等原因引起的，需要根据病因进行治疗，以下是治疗方法：
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒感染引起，通过性接触传播。主要表现为阴茎上面皮肤长小水泡，伴有疼痛、瘙痒等症状。治疗方法主要包括抗病毒治疗、止痛治疗、心理治疗等。抗病毒药物如阿昔洛韦、伐昔洛韦等可以抑制病毒复制，减轻症状。止痛药物如布洛芬、对乙酰氨基酚等可以缓解疼痛。心理治疗可以帮助患者缓解焦虑、抑郁等情绪。
2.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒感染引起，通过性接触传播。主要表现为阴茎上面皮肤长菜花状、鸡冠状的赘生物，伴有瘙痒、疼痛等症状。治疗方法主要包括物理治疗、药物治疗、免疫治疗等。物理治疗如激光、冷冻、电灼等可以去除疣体。药物治疗如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等可以抑制疣体生长。免疫治疗如干扰素、白介素等可以提高免疫力，减少复发。
3.过敏：由过敏原引起，如避孕套、润滑剂、某些食物等。主要表现为阴茎上面皮肤长小水泡，伴有瘙痒、红肿等症状。治疗方法主要包括脱离过敏原、使用药物治疗等。脱离过敏原可以避免过敏反应的发生。药物治疗如抗组胺药物如氯雷他定、西替利嗪等可以缓解症状。
需要注意的是，以上治疗方法仅供参考，具体治疗方法需要根据个人情况而定。如果阴茎上面皮肤长小水泡持续不愈或伴有其他症状，建议及时就医，明确诊断，进行针对性治疗。