怀孕6周B超看不到胎囊的原因可能是以下几种：
1.实际孕周小于停经天数：如果平时月经周期不规律，或者排卵延迟，受精时间较晚，孕囊可能还没有到达子宫腔，或者孕囊较小，B超无法看到。
2.宫外孕：受精卵在子宫腔以外的部位着床，最常见的是输卵管妊娠。宫外孕时，孕囊无法正常发育，B超也无法看到胎囊。
3.生化妊娠：指精子和卵子结合后，没有在子宫内着床，随着月经一起流产的现象。虽然血中人绒毛膜促性腺激素（HCG）水平升高，但B超检查看不到孕囊。
4.胎停育：孕囊停止发育，B超检查发现孕囊形态不规则、无胎心搏动或胎芽。
5.其他：子宫肌瘤、子宫畸形等也可能影响孕囊的着床和发育。
需要注意的是，B超检查看不到胎囊并不一定意味着异常，可能是由于上述原因导致的。医生会根据具体情况进行进一步的检查，如血HCG测定、孕酮检测、阴道超声等，以明确诊断。如果怀疑宫外孕，需要密切监测，必要时进行手术治疗。如果是其他原因导致的，医生会根据具体情况给出相应的处理建议。
如果怀孕6周B超看不到胎囊，建议及时就医，遵医嘱进行进一步的检查和处理。同时，要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持良好的心态。