会厌囊肿手术后可能会出现一些后遗症，具体如下：
1.出血：手术过程中或术后可能出现出血，需要密切观察和处理。如果出现严重的出血，可能需要再次手术止血。
2.感染：手术部位可能发生感染，需要使用抗生素治疗。如果感染严重，可能需要进一步处理。
3.疼痛：手术后可能会有喉咙疼痛，需要使用止痛药缓解。疼痛通常会在几天内逐渐缓解。
4.吞咽困难：手术后可能会出现吞咽困难，这是由于手术部位的肿胀和疼痛引起的，通常会在几天内逐渐缓解。
5.声音嘶哑：手术可能会影响声带的功能，导致声音嘶哑，通常会在几周内逐渐恢复。
6.呼吸困难：在极少数情况下，手术可能会导致气道狭窄，引起呼吸困难，需要及时处理。
需要注意的是，这些后遗症并不是一定会发生的，而且大多数情况下是可以通过适当的治疗和护理来缓解和预防的。在决定是否进行手术之前，患者应该与医生充分沟通，了解手术的风险和收益，并根据自己的情况做出明智的决策。